ر پایه شواهد سنگواره‌ای و زیستی، بیشتر دانشمندان موافق این نظر هستند که پرندگان زیرگروهی ویژه از دایناسورهای ددپا هستند. ۱۱ به طور خاص، آن‌ها اعضای دست‌قاپان هستند؛ گروهی از ددپایان که شامل دونده‌خزندگان و خاگ‌دزدان و دیگران است. ۱۲ با کشف ددپاهای غیرپرنده که با پرندگان ارتباط دارند، تمایز آشکار پیشین میان غیرپرندگان و پرنده‌ها نامشخص و مبهوم شده است. اکتشافات تازه در استان لیائونینگ در شمال شرقی چین نشان داده‌اند که چندین گونه دایناسور ددپا دارای پر بوده‌اند. ۱۳ دیدگا مورد اجماع در میان پرنده‌شناسان معاصر این ست که پرندگان راستین، یا اعضای کلاد Avialae، نزدیک‌ترین خویشاوندان Deinonychosaurها هستند که شامل dromaeosauridها و troodontidها می‌شود. ۱۴ این‌ها به همراه هم گروهی به نام پیراپرندگان را تشکیل می‌دهند. بعضی اعضای پایه‌ای این گروه، همچون ریزدزد، دارای ویژگی‌هایی بودند که آنان را قادر به پرواز یا هواپری می‌کرد. پایه‌ای‌ترین Deinonychosaurها بسیار کوچک بودند. چنین حقیقتی از احتمال اینکه نیای همهٔ پیراپرندگان می‌توانسته است درخت‌زی باشد یا هواپری کند، پشتیبانی می‌کند. ۱۵ ۱۶ برخلاف Archaeopteryx و دایناسورهای پردار غیرپرنده که مشخصاً گوشت‌خوار بودند، پژوهش‌های تازه پیشنهادداده‌اند که نخستین پرندگان به احتمالی گیاه‌خوار بوده‌اند. ۱۷ گونه Archaeopteryx از کرتاسه پسین از گذشته به عنوان یکی از گونه‌های انتقالی شناخته شده در رابطه با پرندکان شناخته می‌شد و از جمله شواهد تاییدکنندهٔ نگرهٔ فرگشت در سده ۱۹ میلادی عنوان می‌گشت. Archaeopteryx نخستین سنگواره‌ای بود که مشخصا ویژگی‌های موجود در خزندگان چون دندانشان، ناخن‌های پنجه دار، و دمی بلند و سوسمارگون، در کنار بال‌های پروازی همانند آنچه که در پرندگان امروزین وجود دارد، داشت. با آنکه این گونه به عنوان نیای پرندگان امروزین شناخته نمی‌شود، اما تصور بر این است که خویشاوندی و ارتباط نزدیکی با نیای حقیقی داشته است. ۱۸ نگره‌های علمی جایگزین و مناقشه‌ها اختلاف نظرهای آغازین بر روی خاستگاه پرندگان شامل این می‌شد که آیا پرندگان از دایناسورها فرگشت یافتند یا از شاه‌خزندگان اولیه. در گروه هواداران خاستگاه دایناسوری، اختلاف نظر بر روی این مساله وجود داشت که کدام یک از پرنده‌کفلان یا ددپایان، نیاکان احتمالی پرندگان بوده‌اند. ۱۹ اگرچه دایناسورهای پرنده‌کفل در داشتن ساختار کفلی یکسان با پرندگان نوین اشتراک داشتند، اما باور بر این است که پرندگان از دایناسورهای خزنده‌کفل فرگشت پیدا کردند و به همین دلیل ساختار کفلشان مستقل از پرنده‌کفلان فرگشت یافت. ۲۰ در حقیقت، گروه سومی نیز از دایناسورهای با چنین ساختار کفلی یکسانی وجود داشتند که داس‌خزندگان نامیده می‌شوند. با این حال گروه کوچکی از دانشمندان نیز، همچون آلن فدوچیا دیرین‌پرنده‌شناس دانشگاه کارولینای شمالی، مخالف باور غالب هستند و بر این باورند که پرندگان دایناسور نیستند، بلکه از خزندگان آغازینی چون Longisquama فرگشت یافته‌اند. ۲۱ رده‌بندی شناسایی هرچه بهتر موجودات لازم است که آنها را در دسته‌هایی طبقه‌بندی نمود. بزرگ‌ترین مشکل رده‌بندی پرندگان یکسان بودن ساختار بدنی آن‌ها با یکدیگر است. به عبارت دیگر تحول و تغییراتی را که در جانوران دیگر به ویژه در پستانداران (با وجودی که تعداد گونه‌های آنها نصف گونه‌های پرندگان است) می‌توان مشاهده کرد، در پرندگان چندان قابل مشاهده نیست. از طرف دیگر مطالعات مربوط به آناتومی مقایسه‌ای یا در سطحی نسبتاً ابتدایی بوده تنها در سال‌های اخیر گام‌های موثری در جهت شناخت علمی‌تر عادات و رفتار پرندگان برداشته شده‌است. و در همین راستا تغییرات فراوانی در نامگذاری و شیوه‌های رده بندی داده شده‌است. برای رده بندی پرندگان از تغییرات ظاهری موجود در سیستم‌های استخوانی و ماهیچه‌های آنها استفاده می‌شود. برخی از دانشمندان هم سعی دارند از روی میزان پروتئین موجود در تخم پرندگان یا از روی عادات و رفتاری که بین پرندگان مشترک است، روابطی برای رده بندی آنان پیدا کنند. کارشناسان رده‌بندی در مورد نحوه فرگشت پرندگان در طول حیات آنها در کره زمین، سازگاری آنها با شرایط متفاوت اقلیمی و جغرافیایی، و نیز شرایطی که در آن طبیعت بر روی اندام‌های مختلف پرندگان تاثیر گذاشته و آن‌هایی را که قابلیت سازگاری داشته‌اند بحث بسیاری کرده‌اند. در حال حاضر بهترین شیوه برای مشخص کردن جایگاه و رده‌بندی پرندگان تعیین تغییرات و وضعیت دی‌ان‌آ در پرنده علاوه بر چگونگی شکل ظاهر و ویژگی‌های بوم‌شناختی آن‌هاست. بحث رده بندی پرندگان از موارد بسیار با اهمیت در مطالعه پرندگان است و در سال‌های اخیر بر روی آن مطالعات فراوانی صورت گرفته‌است. کتاب فیلوژنی و رده‌بندی پرندگان (۱۹۹۰) اثر سیبلی و آلکیست ۲۵ پژهشی مهم در زمینه رده‌بندی پرندگان به شمار می‌آید که اگرچه پس از انتشار مورد چندین بازبینی قرار گرفت، اما شواهد نشان می‌دهند که رده‌بندی کلی صورت گرفته توسط آنان دقیق و پذیرفتنی است. دانشمندان اما بر روی پیوند و خویشاوندی راسته‌های پرندگان با هم اختلاف نظر دارند و اجماعی قوی در این رابطه دیده نمی‌شود. با این حال شواهد سنگواره‌ای یافت شده در طی زمان به روشن‌تر شدن تصویر فرگشت این جانوران کمک کرده‌اند. فهرست زیر شامل همهٔ راسته‌های موجود در زیرردهٔ نومرغان، یا پرندگان نوین، است. این فهرست بر پایه طبقه‌بندی‌های مرسوم تنظیم شده و توسط طبقه‌بندی سیبلی–مونرو مورد بازبینی قرار گرفته است. فهرست پرندگان اطلاعات مختصر بیشتری درباره این راسته‌ها و تیره‌های عضوشان به دست می‌دهد. زیررده نومرغان بالاراسته دیرین‌آروارگان – شامل ۲ راسته و ۴۹ گونهٔ موجود. آرواره‌های این پرندگان ابتدایی‌تر و شبیه‌تر به خزندگان هستند تا دیگر پرندگان. شترمرغ‌سانان – شترمرغ‌ها، شترمرغ‌های استرالیایی، کیوی، و دیگران وشم‌سانان – وشم‌ها بالاراسته نوآروارگان – شامل ۲۷ راسته و نزدیک به ۱۰٬۰۰۰ گونه. آن‌ها در طی فرگشت خود زیر پراکنش تطبیقی قرار گرفتند تا امروزه تنوع شگفت‌انگیز در ظاهر (به ویژه نوک و پاها)، تحرک، و رفتار پدید آمد. غازسانان ماکیان‌سانان سلیم‌سانان – مرغان نوروزی، سلیم‌ها و دیگران غواص‌سانان کشیم‌سانان کبوتردریایی‌سانان – آلباتروس‌ها، کبوترهای دریایی و دیگران سقامرغ‌سانان – مرغ سقاها و دیگران نوک‌سرخ‌سانان لک‌لک‌سانان – لک‌لک‌ها و دیگران کرکس‌های بر جدید بال‌آتشی‌سانان – فلامینگوها شاهین‌سانان – شاهین‌ها، عقاب‌ها، قوش‌ها و دیگران درناسانان – درناها و دیگران کوکرسانان کبوترسانان طوطی‌سانان – طوطی‌ها و دیگران کوکوسانان – کوکوها و توراکوها کاکل‌به‌پشت‌سانان – گندمرغ بوف‌سانان – جغدها شبگردسانان – شبگردها و دیگران پرستوسانان – بادقپک‌ها و مگس‌مرغ‌ها سبزقباسانان – ماهی‌خورک‌ها و دیگران دارکوب‌سانان – دارکوب‌ها و دیگران تروگون‌سانان موش‌مرغ‌سانان گنجشک‌سانان – گنجشک‌ها، پرندگان آوازخوان و دیگران با این حال، این فهرست نیز جایگزین‌های خود را دارد و به تازگی فهرست جدیدی با نام رده‌بندی سیبلی–آلکوئیست که بر پایه پژوهش‌های مولکولی است هواداران بسیاری پیدا کرده است. ۲۶ گستره پراکندگی پرندگان از جمله گروه‌هایی از جانوران هستند که در تقریباً همهٔ مناطق خشکی در جهان و نیز درون اقیانوس‌ها یافت می‌شوند. در دورترین نقطهٔ جنوبی، کبوتر دریایی برفی در گروه‌هایی در ۴۴۰ کیلومتری درون خاک جنوبگان تخم‌گذاری می‌کند. ۲۷ بیشترین تنوع پرندگاندر جهان در مناطق گرمسیری است. پیشتر گمان می‌رفت که چنین تنوعی برآمده از میزان بیشتر گونه‌زایی در مناطق گرمسیر است، ولی پژوهش‌های جدید نشان داده‌اند که میزان گونه‌زایی در مناطق دورتر از استوا بیشتر است، اما میزان انقراض گونه‌ای نیز در آن مناطق بیشتر از مناطق گرمسیر است. ۲۸ بعضی گونه‌های پرندگان برای زندگی همیشگی بر روی آب اقیانوس‌ها تطابق یافته‌اند. پرندگانی چون مرغان طوفان همهٔ عمر را بر روی آب سپری می‌کنند و تنها برای تخم‌گذاری به کرانه‌ها می‌آیند. به نظر می‌رسد که می‌توان تیره‌های پرندگان را بر پایه خاستگاه جغرافیاییشان به ۶ گروه تقسیم کرد: بخش پانتروپیکال، بخش هولوآرکتیک، بخش آمریکایی که نئوتروپیکال را تشکیل می‌دهد، بخش پالئارکتیک، و گروهی که از پرندگان به شدت کوچ‌رو تشکیل یافته‌اند. جدا شدن قاره‌ها از هم نقش مهمی در بومی‌شدن تیره‌های بسیار داشت؛ برای نمونه مگس‌مرغان در قاره آمریکا حضور ندارند و Dromaius نیز در استرالیا یافت نمی‌شود. بخش استرالیایی گسترهٔ پرندگان، همانند پستانداران ویژه‌اش، بیشترین میزان بوم‌زادی را داراست.